Balatonlelle az 1332-37. évi pápai tizedjegyzékben Lelye és Belye alakban már egyházas helyként szerepel. A határbéli Kis-Gamás területén feküdt hajdan Gamás falu, mely 1055-ben a tihanyi apátság birtoka volt. A települést 1229-ben Felső-Gamás néven említik. Balatonlelléhez tartozik Rádpuszta, ahol Árpád-kori település feküdt, s ma is látható itt a 12. században épült, műemlék templom romja, mely Árpád-kori kultúránk jelentős emléke.

Balatonlelle ismert története Szent István koráig nyúlik vissza. Az 1055-ben kelt Tihanyi alapítólevélben találunk utalást a mai Lelle területén, a nagy hadiút mellett épített Szent Kelemen-bazilikára. Ez a Balaton-környék legkorábbi ismert temploma. Az alapítólevélben a bazilikát mint a két út - Hadút és Sziget-szád, más forrásokban Nagyút - találkozásánál az apátsági birtok nyugati határát említik. Itt volt a híres Hadút Nagyúti elágazása. Feltételezések szerint mindkettő a római birodalom maradványa. A Hadút Aquincum felől vezetett Kanizsán, Dalmácián keresztül az Adriához, a Nagyút pedig délnek haladt a mai Kaposvár és Szigetvár felé. A régi bazilika a török idők alatt teljesen elpusztult. Helyén az 1720-as években építettek új, fatornyú templomot, mely 1756-ban kőtornyot kapott. A barokk templom a múlt század végén oldalhajóval bővült. Leromlott állaga miatt azonban 1943-ban lebontották. A ma látható templomot Árkay Bertalan műépítész tervezte. Érdekessége, hogy ez a déli part egyetlen vöröskőből emelt temploma.

Lelle a Dél-Balaton vidékének jelentős helyeként szerepelt a magyar történelem korai időszakában. Lél vezér udvarhelyeként említik, aki a kalandozó hadjáratokban vett részt, és az augsburgi csatában esett el. A Hadút ezután is jelentős forgalmat bonyolított. Erre tanyázott Koppány vezér és népe. Szent László királyunk itt vezette át hódító seregét Horvátországba és Szlavóniába. Más alkalmakkor is gyakran megfordult erre, amikor Somogyvárt az általa alapított bazilikát és bencés kolostort látogatta. A rét keleti végén folydogáló Terves patak mentén ütközött meg 1199-ben Imre király öccsével, Andrással és védte meg csatában a trónt. 1241-ben a tatároktól elszenvedett muhi vereség után erre menekült Dalmáciába IV. Béla király és Kálmán herceg. 1848-ban Jellasics bán a Hadúton vezette katonáit a szabadságharc leverésére. Egy kisebb csapat megpróbálta itt - sajnos sikertelenül - megállítani, csak a honvédsereg tudta Pákozdnál szeptember 29-én szétkergetni őket. Az itteni ütközet emlékét őrzi a "Rác fa", amely alatt az összecsapás halottai nyugszanak.

1726-ban Löllye alakban említik a települést. Ekkor a Maithényi család birtoka. 1848. január 7-én a helység országos vásárok tartására nyert jogot. 1856 után a Jankovich és Szalay családok voltak Lelle birtokosai. Az első villát Lisznyai Elemér építette 1896-ban. Ki is nevették érte, hogy a bivalylegelőre építkezik. Ekkor Lellének még csak 40 fürdővendége volt. 1899-re ez a szám már 460-ra nőtt. 1904-ben megalakult Fürdőegyesület működésének köszönhetően a település az elsők között vett részt a kulturált fürdőélet megszervezésében. Számos üdülő, villa, panzió épült akkoriban, és a fejlődés a két világháború között is folytatódott. Ekkor épült egyebek mellett a hajókikötő, és kezdődött meg a település villamos- és vízhálózatának kiépítése. Az 1979. évi Balatonboglárral történt egyesítéssel a megye 6. településévé vált az akkor már Boglárlelle nevet felvett és városi rangot kapott helység. A két település 1991. október 1-jével különvált, és mindkettő megtarthatta városi rangját.